1.管理部：分别为东城管理部、西城管理部、朝阳管理部、海淀管理部、中关村管理部、丰台管理部、方庄管理部、石景山管理部、门头沟管理部、房山管理部、通州管理部、顺义管理部、昌平管理部、大兴管理部、怀柔管理部、平谷管理部、密云管理部、延庆管理部共计18个。负责管理部范围内住房公积金及单位住房基金（售房款）、售后公有住房住宅专项维修资金、商品住宅专项维修资金、住房补贴等其他住房资金的归集、使用管理工作；负责住房公积金的催建、催缴、执法和投诉处理工作；负责管理部各类档案的建立、归档工作；负责接待住房公积金咨询、查询及信访工作；远郊区县管理部负责区域范围内的住房公积金贷款相关工作。

　　2.住房公积金贷款中心：负责贷款项目的分配及管理；负责住房公积金贷款业务和政策性贴息业务；负责贷款资产管理；负责贷款档案的建立、归档工作。

　　3.结算中心：负责全系统住房公积金的核算工作；负责全系统单位住房基金（售房款）、售后公有住房住宅专项维修资金、商品住宅专项维修资金、住房补贴等其他住房资金的核算工作；负责住房公积金贷款的核算工作，负责公积金支持保障性住房建设项目贷款的核算工作；负责编制有关会计报表；负责根据中心业务变化情况适时调整、拓展相关核算职能。